1994年8月，根据税务体制改革精神，原怀宁县税务局划分为国税、地税两个局。怀宁县地方税务局机关内设股室6个：办公室、人秘股、计会股、税政股、征管股、监察股。县局派出机构为4个分局5个所，4个分局为：石牌分局、稽查分局、月山分局、高河分局，均为副科级建制，石牌分局下设海口征收组。5个所为：皖河所、黄龙所、三桥所、洪镇所、新安所，均为正股级建制。怀宁县人民政府任命章学宏同志为怀宁县地税局局长，吴春生同志为副局长。

1995年1月，怀宁县人民政府任命何平同志为怀宁县地税局副局长。2月，经怀宁县委批准，成立怀宁县地税局党组，汪炳根同志任党组书记，章学宏同志为副书记，吴春生、何平同志为党组成员。3月，成立县局工会委。4月，成立县局纪检组。

1996年5月，成立怀宁县检察院地方税务检察室，1998年5月撤销。

1997年1月，经怀宁县编办批准，设立怀宁县地方税务局海口税务所。

1998年5月，县局由原属地方管理改为归属全省地税系统垂直管理。

2000年3月，县局稽查分局更名为怀宁县地方税务局稽查局。

    2001年8月，何平同志任怀宁县地方税务局党组书记、局长。县局领导班子调整，班子成员5人，分别为：何平、汪江生、王小平、张向东、潘孝吾。

2001年12月，经怀宁县编委办批准，成立怀宁县地方税务局治安办公室。

2002年9月，全省地税系统机构改革，县局行政编制为125人，内设股室6个：办公室、税政股、征管股、计财股、人教股、监察室。派出机构11个，其中：副科级建制5个：稽查局、石牌分局、城关分局（原高河分局）、月山分局、三桥分局；正股级建制6个：征收管理分局、皖河分局、黄龙分局、洪镇分局、新安分局、大龙山分局（同时撤销原海口所）。

2004年9月，经省编办批准，除黄龙分局为正股级建制外，其余分局（局）均为副科级建制。

2005年8月，县局信息中心成立，编制为3人。

2005年9月，根据安庆市区域规划调整，原隶属于县局的大龙山分局上划至安庆市地税局。县局派出机构减少1个，行政编制减至116人。

2008年5月，怀宁县地税局机关党委成立。

2008年10月，县局工会换届。

2010年8月，全省成品油税费改革，县局行政编制增至118人。同时带编调走1人，减编1个。

2010年10月，全省地税系统机构改革，县局行政编制117人，内设股室增至8个：办公室、税政股、基金（费）股、收入核算与财务管理股、纳税服务股、征管和科技发展股、人事教育股、监察室。副科级建制直属机构2个：稽查局，内设综合股、稽查股、审理股、执行股；征收管理分局，内设综合股、纳税服务股、管理股。副科级建制派出机构8个：城关分局、开发区分局、石牌分局、三桥分局、新安分局、月山分局、洪镇分局、黄龙分局。

2012年3月，耕地占用税和契税征管职能由财政划转至地税部门，县局增设正股级内设机构“耕地占用税和契税管理股”。

2014年3月，县局机关党委换届。

2015年5月，县局新一届领导班子调整，班子成员5人，分别为：张永根、汪江生、王小平、潘孝吾、芮立林。